A BSC 1941 augusztusában kezdte megtervezni Heydrich megölését. Az angol emigrációban lévő Beneš-kormány is egyetértett, hogy Heydrich megszolgálta a halálos ítéletet. Kilenc férfit képeztek ki a feladatra, mindannyian szakterületük mesterei. Ellátták őket kanadai katonakönyvekkel, és megfelelő felszereléssel, hamis iratokkal, stb. A merénylet végrehajtására Jozef Gabčík és Jan Kubriš ügynököket választották ki, és segítőjük volt Valċik és Jemelik ügynökök. 1942. május 27-én Heydrich, kezében a Hitler tömeggyilkos parancsának végrehajtási terveit tartalmazó irattartóval Berlinbe indult. Előtte, mint mindig, betért hivatalába. A Jungfern-Breschan (ma Panenské Břežany) falunál a Vltava völgyében egy hajtűkanyarban vártak rá. Gabčík egy Sten géppisztollyal rálőtt, de a fegyver nem működött. Heydrich pisztolyt rántott, és vaktában tüzelt. Kubriš az autóra dobott egy kézigránátot. A füstfelhőből Heydrich bukkant elő, és lőni kezdett a merénylőkre. Azok elfutottak, majd jelentették a cseh ellenállás tagjainak a merénylet végrehajtását, akik egy kriptában rejtették el őket. Heydrich Prágában a Bulovka kórházban 1942. június 4-én belehalt sérüléseibe.